Las Estaciones Experimentales Agrarias tienen como función ejecutar acciones de innovación agraria en recursos genéticos animales y vegetales. Así como realizar la producción de semillas, plantones y reproductores, y también brindar servicios tecnológicos en sus laboratorios.

El Instituto Nacional de Innovación Agraria cuenta con 24 Estaciones Experimentales Agrarias distribuidas a nivel nacional.

• Amazonas EEA Amazonas
• Apurimac EEA Chumbibamba
• Arequipa EEA Arequipa
• Ayacucho EEA Canaán
• Cajamarca EEA Baños del Inca
• Cuzco EEA Andenes
• Cuzco (Pichari) EEA Perla del Vraem
• Huánuco EEA Canchán
• Ica EEA Chincha
• Junín (Chanchamayo) EEA Pichanaki
• Junín (Huancayo) EEA Santa Ana
• La Libertad EEA Virú
• Lambayeque EEA Vista Florida
• Lima (Huaral) EEA Donoso
• Loreto (Alto Amazonas) EEA San Ramón
• Loreto (Maynas) EEA San Roque
• Madre de Dios EEA San Bernardo
• Moquegua EEA Moquegua
• Ucayali EEA Pucallpa
• Tacna EEA Tacna
• Tumbes EEA Los Cedros
• Piura EEA El Chira
• Puno EEA Illpa
• San Martín EEA El Porvenir

Asimismo, el INIA cuenta con el Centro Experimental La Molina, ubicado en el departamento de Lima