Es una unidad dentro de la Dirección de Red de Salud Huánuco que se encarga de realizar controles gubernamentales. Depende de la Contraloría General de la República y administra el control interno en la entidad. Sus funciones incluyen auditorías, seguimiento de medidas correctivas, recepción de denuncias y el cumplimiento de normativas. Su objetivo es asegurar la legalidad y transparencia en la gestión pública. Tiene asignados las siguientes funciones:

1. Ejercer el control interno posterior a los actos y operaciones de la Dirección de Red de Salud, sobre la base de los lineamientos del Plan Anual de Control.
2. Efectuar auditorías a los estados financieros y presupuestarios de la Dirección de Red de Salud Huánuco, así como a la gestión del mismo, de conformidad con las pautas que señale la Contraloría General.
3. Ejecutar las acciones y actividades de control a los actos y operaciones de la Dirección de Red de Salud Huánuco, que disponga la Contraloría General, así como las que sean requeridas por el titular de la Red.
4. Efectuar control preventivo sin caracter vinculante, al organo de mas alto nivel de la Dirección de Red de Salud Huánuco, con el propósito de optimizar la supervisión y mejora de los procesos, prácticas e instrumentos de control interno.
5. Actuar de oficio, cuando en los actos y operaciones de la Dirección de Red de Salud Huánuco, se adviertan indicios razonables de ilegalidad, de omisión o de incumplimiento, informando al titular de la entidad, para que adopte las medidas correctivas pertinentes.
6. Remitir los informes resultantes de sus acciones de control a la Contraloría General, así como al titular de la Dirección de Red de Salud Huánuco y del Sector cuando corresponda, conforme a las disposiciones sobre la materia.
7. Recibir y atender las denuncias que formulen los funcionarios, servidores públicos y ciudadanos sobre actos y operaciones de la Dirección de Red de Salud Huánuco, otorgándole el trámite que corresponda a su mérito y documentación sustentatoria respectiva.
8. Formular, ejecutar y evaluar el Plan Anual de Control, aprobado por la Contraloría General, de acuerdo a los lineamientos y disposiciones vigentes.
9. Efectuar el seguimiento de las medidas correctivas que adopte la Dirección de Red de Salud Huánuco, como resultado de las acciones y actividades de control, comprobando su materialización efectiva, conforme a los términos y plazos respectivos. Dicha función comprende efectuar el seguimiento de los procesos judiciales y administrativos derivados de las acciones de control.
10. Verificar el cumplimiento de las disposiciones legales y la normativa interna aplicables a la Dirección de Red de Salud Huánuco, de las unidades orgánicas y personal de éste.
11. Formular y proponer el presupuesto anual del organo de control Institucional en el marco de las normas del Proceso Presupuestario.
12. Apoyar a las Comisiones que designe la Contraloría General de la República para la ejecución de las acciones de control en el ambito de la Dirección de Red de Salud Huánuco; por disposición de la Contraloría General podrán colaborar en otras acciones de control externo por razones operativas o de especialidad.
13. Cumplir diligentemente con los encargos, citaciones y requerimientos que le formule la Contraloría General y el órgano de control sectorial de acuerdo al artículo 29° del Reglamento de los Organos de Control Institucional.
14. Otras funciones que establezca la Contraloría y adicionalmente las atribuciones que le confiere el artículo 15° de la Ley Orgánica del Sistema Nacional de Control y de la Contraloría General de la República.