Según Resolución Ministerial N.º 638-2003-SA/DM, se aprueba el documento “Delimitación de las Direcciones de Salud, Direcciones de Redes de Salud y Microrredes de Salud del Ministerio de Salud" que contiene el número, la población asignada y la descripción del ámbito geográfico de las Direcciones de Salud, Direcciones de Red de Salud y Microrredes de Salud a nivel nacional, en el cual la Red de Salud Huánuco, en la actualidad está conformada por 13 Microrredes: Aparicio Pomares, Amarilis, Acomayo, Churubamba, Margos, Huancapallac, Cayran, Chaulan, Santa María del Valle, Yarumayo, Potracancha, Yacus, Pillao, y 01 Hospital Materno Infantil Carlos Showing Ferrari con categoría II-E.

Con Resolución Ejecutiva Regional N.º 703-2003-GRH/PR de 21 de noviembre 2003, se aprueba el Reglamento de Organización y Funciones de la Dirección de Red de Salud Huánuco. Y con Resolución Ejecutiva Regional N.º 507-2004-GRH-UPR del 26 de Agosto de 2004, se aprueba el Cuadro para Asignación de Personal (CAP).

Según Resolución Ministerial N.º 1217-2004/MINSA del 17 de diciembre de 2004, en la que autorizan a las Direcciones Regionales de Salud y Gobierno Regional a la revisión y de ser necesario la modificación de la Delimitación de Redes. La DIRESA HUÁNUCO no presentó ninguna modificación en las delimitaciones quedando siempre considerada la Dirección de Red de Salud Huánuco como órgano desconcentrado.

El 22 de Julio de 2004 con oficio N.º 1262-2004-OGPE-OPE/MINSA y de conformidad con lo señalado en el Artículo 23 - Pautas relativas a las Unidades Ejecutoras para el año 2005 de la Directiva N.º 012-2004-EF/76.01 “Directiva para la programación y formulación del presupuesto de los gobiernos Regionales para el año fiscal 2005” la Oficina General de Planeamiento Estratégico del MINSA, emite opinión favorable para la creación de la Unidad Ejecutora Red de Salud Huánuco, bajo el criterio de Nivel de Desconcentración Administrativa que incidirá en el grado de autonomía funcional de la misma. Así mismo, con fecha 12 de Julio 2005 con Oficio N.º 0808-2005-EF/76.15 el Director General de la Dirección Nacional del Presupuesto Público, considera procedente la creación para el Año fiscal 2006 de la Unidad Ejecutora 404 Red de Salud Huánuco, y con fecha 15 de Julio 2005 según Oficio N.º 463-E-20054-GRH/GRPPAT el Gerente Regional de Planeamiento, Presupuesto y Acondicionamiento Territorial, comunica a la Dirección Regional de Salud la creación de la Unidad Ejecutora 404 RED DE SALUD HUÁNUCO, para el año fiscal 2006.

Según Resolución Ejecutiva Regional N.º 135-2006-GRH/PR de fecha 10 de marzo 2006, se Aprueba la Organización Administrativa Funcional desconcentradas de la Redes y Microrredes de la Dirección Regional de Salud de Huánuco, la que está conformada por la Dirección de Red de Salud Huánuco, Marañón y Leoncio Prado. Teniendo dentro de su ámbito jurisdiccional la Dirección de Red de Salud Huánuco a 16 Microrredes: Jesús, Rondos, Baños, Aparicio Pomares, Margos, Amarilis, Santa María del Valle, Quera, Acomayo, Panao, Ambo, Huácar, San Rafael, Yarowilca, Huacrachuco, Huacaybamba.

Con fecha 28 de diciembre 2006 y Oficio N.º 6677-2006-GR/HCO-DRS-DG-DEA, se comunica que a partir del 01 de Enero del 2007, entrará en funcionamiento la UNIDAD EJECUTORA N.º 404 - RED DE SALUD HUÁNUCO, con sólo la administración de los recursos financieros de los establecimientos de salud de las provincias de Huánuco, Ambo, Panao, parte de Lauricocha y Yarowilca; esta categoría le ha permitido desde entonces la capacidad de ejecución presupuestal autónoma, se reconfigura su ámbito jurisdiccional en el marco del proceso de descentralización y asume la gestión sanitaria en el territorio correspondiente a la Región Huánuco la cual incluye a 4 provincias del departamento de Huánuco: Ambo, Huánuco, Pachitea y Lauricocha, con 13 Microrredes de Salud.

La Dirección Red de Salud Huánuco, direcciona el proceso sanitario como derecho inherente del Estado, a través de la ejecución de políticas y capacidad de regulación, cumplimiento de normas, así como la toma de decisiones adecuadas que le permiten garantizar la calidad, acceso y oportunidad de la prestación de servicios de salud en el ámbito de su jurisdicción.

En el año 2013, la Red de Salud Huánuco, queda a cargo solo de las provincias de Huánuco, Ambo y Pachitea; debido a que los establecimientos de salud de Lauricocha pasan a conformar la Unidad Ejecutora 406 Red de Salud Dos de Mayo.

Mediante la Sexagésima Novena Disposición Complementaria de la Ley N.º 30518, Ley de Presupuesto del Sector Público para el año fiscal 2017, se dispone la creación de las Unidades Ejecutoras Ambo y Pachitea, que tendrán como ámbito de su jurisdicción a las provincias del mismo nombre; en ese sentido con Resolución Ejecutiva Regional N.º 902-2017-GRH/GR, de fecha 27 de Diciembre de 2017, se aprueba la creación de la Unidad Ejecutora Red de Salud Pachitea, del mismo modo, en la misma fecha con Resolución Ejecutiva Regional N.º 903-2017-GRH/GR se aprueba la creación de la Unidad Ejecutora Red de Salud Ambo.

Mediante Ordenanza Regional Nº096-2018-GRHCO de fecha 28 de Setiembre de 2018, se aprueba el Cuadro de Asignación de Personal Provisional (CAP-P) de la Unidad Ejecutora 404 Red de Salud Huánuco.

Mediante Resolución Ejecutiva Regional N°221‐2021-GRH/GR, con fecha 18 de mayo de 2021, el Gobernador Regional de Huánuco, Juan Alvarado Cornelio, designó oficialmente al Médico Cirujano. Renán Ríos Villagómez como Director Ejecutivo de la Red de Salud Huánuco, quien viene liderando el compromiso de trabajo en equipo con los funcionarios y directivos a cargo de las Unidades Orgánicas, con la finalidad de crear la mística, sinergia y cultura organizacional en la Dirección de la Red de Salud Huánuco.