Es el órgano de línea encargada de aplicar las normas, organizar, ejecutar y supervisar los procesos y actividades relacionadas con la ecología y protección del medio ambiente, saneamiento básico, salud ocupacional, higiene alimentaria y control de zoonosis, depende de la Dirección General.

Unidades orgánicas:

• Dirección de Saneamiento Básico, Higiene Alimentaria y Zoonosis.
• Dirección de Ecología, Protección del Ambiente y Salud Ocupacional.