El Subdirector, depende orgánicamente y funcionalmente de la Dirección General, y es designado por la misma. Es el funcionario que reemplaza al director general en casos de impedimento o ausencia.

Órganos de línea:

• Oficina de Prevención y Control de Emergencias y Desastres.
• Oficina de Comunicaciones.
• Oficina Ejecutiva de Gestión y Desarrollo de Recursos Humanos.
• Oficina Ejecutiva de Administración.
• Oficina Ejecutiva de Planeamiento, Finanzas y Gestión Institucional.
• Oficina de Asesoría Jurídica.

Órganos desconcertados:

• Dirección Red de Salud Coronel Portillo.
• Dirección Red de Salud Federico Basadre.
• Dirección Red De Salud Atalaya.
• Dirección Red de Salud Aguaytía – San Alejandro.
• Hospital Regional de Pucallpa.
• Hospital Amazónico de Yarinacocha.