La Comisión Permanente de Fiscalización de la Universidad Nacional Autónoma de Alto Amazonas cumple las siguientes funciones:

• Vigilar la gestión académica, administrativa y económica de la universidad, concordantes con las legales vigentes.
• Informar los resultados al órgano del gobierno correspondiente de la UNAAA, a la Contraloría General de la Republica y la Sunedu.
• Disponer de amplias facultades para solicitar información a toda instancia interna de la UNAAA, cuya labor tiene el carácter de confidencial e imparcial, actuando con transparencia.
• Emitir el informe técnico legal respecto a la fiscalización de la gestión institucional.
• Guardar la debida confidencialidad de la información proporcionada, bajo responsabilidad.
• Otras que establezca el estatuto y la Ley N° 30220, Ley Universitaria.