El decanato de la Universidad Nacional Autónoma de Alto Amazonas tiene entre sus sunciones:

• Dirigir administrativamente la facultad.
• Dirigir académicamente la facultad, a través de los directores de departamentos académicos, de las escuelas profesionales y unidades de posgrado.
• Representar a la facultad ante la Asamblea Universitaria y ante el Consejo Universitario, en los términos que establece la ley.
• Designar a los directores de las escuelas profesionales, instituto de investigación y las unidades de posgrado.
• Proponer al Consejo de facultad, sanciones a los docentes y estudiantes que incurran en faltas conforme lo señala la ley.
• Presentar al Consejo de facultad, para su aprobación, el plan anual de funcionamiento y desarrollo de la facultad y su informe de gestión.
• Las demás atribuciones que el estatuto le asigne y normas conexas.