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Consejo Directivo
Es el órgano colegiado encargado de establecer las políticas, planes, objetivos, estrategias, actividades y metas del Proyecto Especial Jaén San Ignacio Bagua (PEJSIB); además, supervisa la administración general y marcha institucional, en concordancia con lo dispuesto por el Ministerio de Desarrollo Agrario y Riego (Midagri).
La participación de los miembros del Consejo Directivo en las sesiones ordinarias y extraordinarias, no comprende el pago de dieta a cargo del PEJSIB.
Dirección Ejecutiva
A cargo de la persona en el puesto de director ejecutivo, quien es la máxima autoridad ejecutiva y administrativa. Ejerce la representación legal ante las entidades públicas y privadas. Depende funcionalmente del Despacho Viceministerial de Desarrollo e Infraestructura Agraria y Riego del Ministerio de Agricultura y Riego, y estructuralmente del Consejo Directivo del PEJSIB.
Órgano de Control Institucional (OCI)
Es el órgano conformante del Sistema Nacional de Control - SNC, cuya finalidad es llevar a cabo el control gubernamental del PEJSIB, promoviendo la correcta y transparente gestión de los recursos y bienes de la entidad, cautelando la legalidad y eficiencia de sus actos y operaciones; así como el logro de sus resultados, mediante la ejecución de los servicios de control (simultáneo y posterior) y servicios relacionados, con sujeción a los principios enunciados en el Artículo 9 de la Ley Nº 27785, Ley Orgánica del Sistema Nacional de Control y de la Contraloría General de la República.
Depende funcional y administrativamente de la Contraloría General de la República - CGR. Coordina con la Dirección Ejecutiva del PEJSIB y el Órgano de Control Institucional del Ministerio de Agricultura y Riego. Informa al director ejecutivo los resultados y requerimientos de las labores de control, inherentes al ámbito de su competencia.
Oficina de Programación, Presupuesto y Seguimiento
Es el órgano encargado de asesorar a la Dirección Ejecutiva en la conducción de los procesos de programación, presupuesto, racionalización, cooperación técnica, seguimiento y formulación de programas y proyectos de inversión pública. Depende jerárquicamente del director ejecutivo, mediante relaciones técnico funcionales con el Ministerio de Desarrollo Agrario y Riego (Midagri).
Oficina de Asesoría Legal
Es el órgano encargado de asesorar a la Dirección Ejecutiva en asuntos de carácter jurídico, así como a los demás órganos del Proyecto Especial Jaén San Ignacio Bagua (PEJSIB). Depende jerárquicamente del director ejecutivo, mediante relaciones técnico funcionales con el Ministerio de Desarrollo Agrario y Riego (Midagri).
Oficina de Administración
Es el órgano responsable del desarrollo de las acciones vinculadas a los sistemas administrativos de recursos humanos, abastecimiento, contabilidad y de tesorería; así como el control patrimonial y gestión documentaria del Proyecto Especial Jaén San Ignacio Bagua (PEJSIB). Depende jerárquicamente del director ejecutivo, mediante relaciones técnico funcionales con el Ministerio de Desarrollo Agrario y Riego (Midagri).
Dirección de Infraestructura Agraria y Riego
Es el órgano encargado de programar, dirigir, ejecutar, controlar y supervisar la ejecución de los programas y proyectos de inversión pública para la construcción, rehabilitación y mejoramiento de la infraestructura agraria, riego, drenaje, sistema de riego tecnificado y defensa ribereña. Depende jerárquicamente del director ejecutivo, mediante relaciones de coordinación técnico funcionales con el Ministerio de Desarrollo Agrario y Riego (Midagri).
Dirección de Desarrollo Agroeconómico
Es el órgano encargado de programar, dirigir, ejecutar, controlar y supervisar actividades, así como la ejecución de los programas y proyectos, de inversión pública, orientados a mejorar la producción, productividad, rendimiento, asociatividad, reforestación, la promoción de negocios agrarios, el acceso a los mercados y la transferencia tecnológica. Depende jerárquicamente del director ejecutivo, mediante relaciones de coordinación técnico funcionales con el Ministerio de Desarrollo Agrario Riego (Midagri).