El Manual de Organización y Funciones (MOF), contiene la naturaleza, funciones y objetivos del Proyecto Especial Madre de Dios, así como las funciones específicas que le competen desempeñar a los diferentes cargos de acuerdo a la estructura orgánica. En este se detalla la estructura, funciones, relaciones y tareas de los diferentes Órganos que lo conforman.