Lima fue fundada en un fértil valle irrigado por el río Rímac y cerca al mar. La ceremonia de fundación se realizó en lo que hoy es la plaza Mayor, el día 18 de enero de 1535. Ni bien terminada la ceremonia, los conquistadores se repartieron los terrenos.

La casa del gobernador Francisco Pizarro fue construida de una manera sencilla. Años después de su muerte a manos de los seguidores de Almagro, el pacificador La Gasca ocupa la casa, creando un conflicto entre los herederos de Pizarro y la Corona Real.

Esto se resolvió en 1555 con el pago total del arrendamiento de la casa, a la heredera doña Francisca Pizarro. Luego todo pasó a poder de la Real Hacienda.

El terremoto de 1586 la dejó inhabitable y recién pudo ser reconstruida por el virrey García Hurtado de Mendoza, elevándola a la categoría de Palacio.

Nuevos terremotos en 1687 y 1746 obligaron a los ocupantes de Palacio a vivir en la plaza Mayor. Las remodelaciones continuaron durante todo el Virreinato y también en la era republicana.

En 1886, durante el gobierno de la Reconstrucción Nacional del presidente Andrés Avelino Cáceres, se repararon los daños causados en su estructura por la ocupación chilena.

En vísperas de las celebraciones del Centenario de la Independencia Nacional en 1921, se produce un incendio en Palacio y el despacho Presidencial se trasladó temporalmente a la zona que daba a la calle Pescadería.

El presidente Augusto B. Leguía continúa con la restauración, inaugurando en 1927 el Gran Comedor o salón Francisco Pizarro, primer salón del Palacio diseñado en concreto armado.

Durante el gobierno de Sánchez Cerro, se terminó de construir el salón de Recepciones y las salas anexas, entre ellas el salón de Embajadores y el salón Luis XVI.

El presidente Oscar R. Benavides completa la reconstrucción de Palacio de Gobierno y lo inaugura, tal como lo conocemos hoy, en 1938.