Organización
GERENCIA GENERAL
La Gerencia General del PEMD es el órgano responsable del cumplimiento de los objetivos y metas señaladas para la entidad, de acuerdo con los lineamientos impartidos por el GOREMAD y el Consejo Directivo. Se encuentra a cargo de un Gerente General, quién es la máxima autoridad técnica y administrativa, designada por Resolución Ejecutiva Regional en el marco de la normatividad sobre el particular.
ORGANO DE CONTROL INSTITUCIONAL
El Órgano de Control Institucional, en adelante OCI forma parte del Sistema Nacional de Control de acuerdo con la Ley Nº 27785, Ley Orgánica del Sistema Nacional de Control de la Contraloría General de la República. Está encargado de ejecutar el Control Gubernamental interno posterior y el control, gubernamental externo. De acuerdo con el artículo 7 de la Resolución de Contraloría General Nº114-2003-CG "Reglamento de los Órganos de Control Institucional", tiene como objetivo promover la correcta y transparente gestión de los recursos y bienes de la entidad, cautelando la legalidad y eficiencia de sus actos y operaciones, así como el logro de sus resultados, mediante la ejecución de acciones y actividades de control, para contribuir con el cumplimiento de los fines y metas institucionales. Tiene dentro de su estructura de cargos al Jefe del OCI en el nivel de Jefatura .
OFICINA DE PRESUPUESTO Y PLANIFICACION
La Oficina de Planificación y Presupuesto es el órgano encargado de asesorar a la Gerencia General del Proyecto Especial, en la formulación y evaluación de políticas y estrategias de desarrollo, así como conducir los procesos de planificación y presupuesto. Depende directamente de la Gerencia General y mantiene relaciones técnico - funcional con la Gerencia Regional de Planeamiento, Presupuesto y acondicionamiento Territorial del GOREMAD y de coordinación con los demás órganos del Proyecto Especial. Está a cargo de un Jefe de Oficina con nivel de Director.
OFICINA DE ASESORIA LEGAL
La Oficina de Asesoría Legal, es el órgano encargado de asesorar en asuntos de carácter jurídico-legal a la Gerencia General y a los demás órganos del PEMD. Está a cargo de un Jefe de Oficina con nivel de Director.
OFICINA DE ADMINISTRACION
La Oficina de Administración, se encuentra encargada de asegurar la eficiencia en la administración del Proyecto Especial; para el normal desenvolvimiento de sus actividades, siendo responsable de los Sistemas de Personal, Contabilidad, Tesorería, Abastecimiento y Servicios Auxiliares. Está a cargo de un Jefe de Oficina con nivel de Director.
GERENCIA DE INFRAESTRUCTURA PRODUCTIVA
La Gerencia de Infraestructura Productiva es el Órgano de Línea encargado de programar, ejecutar, controlar, supervisar y evaluar la correcta ejecución de las obras del Proyecto Especial, haciendo cumplir las exigencias técnicas, financieras y administrativas de los expedientes técnicos en la Ejecución de las obras bajo las diferentes modalidades que permite la ley, así como de la supervisión de las mismas. Es responsable además del Servicio de Equipo Mecánico. Depende directamente del Gerente General y mantiene relaciones técnicas y funcionales con la Gerencia Regional de Infraestructura del GOREMAD.
GERENCIA DE DESARROLLO AGRARIO
La Gerencia de Desarrollo Agrario es la encargada de realizar acciones tendientes a la transferencia de tecnología y capacitación permanente del productor del área, brindando opciones de modelos de aprovechamiento, comercialización y mercadeo, así como implementar acciones de investigación, capacitación y promoción de la' actividad agropecuaria y agroindustrial.
Es responsable de la ejecución, supervisión, evaluación y control de los Proyectos que se realicen en el área de trabajo. De igual forma es la encargada de promover el manejo y uso racional de los recursos naturales, fomentar el desarrollo agroforestal y recuperación de las áreas degradadas en el ámbito del PEMD. Mantiene relaciones técnico funcional con la Gerencia de Desarrollo Económico así como con la Gerencia de Recursos Naturales del GOREMAD.
GERENCIA DE ESTUDIOS
La Gerencia de Estudios es el Órgano de Línea encargado de planificar, programar, ejecutar, controlar, supervisar y evaluar la correcta ejecución de los estudios de desarrollo integral, de infraestructura de apoyo a la producción, desarrollo agropecuario, impacto ambiental y otros, en armonía de los dispositivos vigentes que son de aplicación. Depende directamente del Gerente General y mantiene relaciones técnicas y funcionales con la Gerencias Regionales de Planeamiento Presupuesto y Acondicionamiento Territorial del GOREMAD, Recursos Naturales y Gestión de Medio Ambiente y de Desarrollo Económico en los asuntos de su competencia.
GERENCIA DE DESARROLLO FRONTERIZO Y COPERACION TECNICA INTERNACIONAL
La Gerencia de Desarrollo Fronterizo y de Cooperación Técnica Internacional es la encargada de desarrollar acciones tendientes a fortalecer las comunidades fronterizas de tal modo que refuercen la presencia nacional en la zona de frontera así como de promover la cooperación Técnica Internacional. Depende directamente de la Gerencia General y mantiene relaciones de coordinación técnico funcionales con la Gerencia de Desarrollo Económico del GOREMAD.